Em 1988, com Mano Menezes de capitão, o Guarani conquistaria o título de campeão amador. Desde então adquiriu o direito de adentrar na era profissional do futebol gaúcho. O clube chegou a algumas decisões, porém não obteve êxito na maioria das vezes. Com apenas dois anos na segunda divisão, em 1990, o time treinado por Celso Freitas venceu o Inter-SM, garantiu o acesso, mas na decisão contra o São Luiz, derrota por 2 a 1, em Ijuí. Na bagagem, o vice-campeonato ao Rubro-Negro.
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Em 1997, o Guarani voltaria a realizar uma grande campanha na Série B, onde os dois primeiros retornariam de imediato ao Gauchão do mesmo ano. Com Marcus Vinícius se tornando o maior artilheiro da competição, o índio fez a melhor campanha, mas não ergueu o troféu de campeão. Na época, a Federação Gaúcha reconheceu o São José, de Cachoeira do Sul, com o título da segunda divisão.
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Em 2002, novamente a Federação Gaúcha entraria em cena, tirando do Guarani o direito de ser o campeão gaúcho. Sem a dupla Gre-Nal, Juventude e Pelotas, que disputavam concomitantemente a Copa Sul-Minas, o índio erguia o troféu, que mais tarde seria, para a FGF, apenas comemorativo ao da 1ª fase do Campeonato Gaúcho.
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Logo em seguida, o Guarani abocanharia a seletiva Sul-Minas. De forma invicta, o bom time treinado por Mano Menezes superou Avaí, Caldense e Iraty, finalizando em primeiro. No ano seguinte, a CBF extinguiu a Copa Sul-Minas, deixando todos no Edmundo Feix a ver navios.
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Em 2006, o Guarani buscava mais um acesso após a queda à segunda divisão no ano anterior. Bravamente, o time treinado por André Luís superou as adversidades, porém conquistou a vaga na elite com um vice-campeonato. Foi a Santa Maria precisando vencer os donos da casa, que estavam eliminados. A derrota por 1 a 0 deu o título ao Guarany de Bagé.
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Neste domingo, o índio teve nova oportunidade. Paralela à tarefa cumprida com a conquista do acesso à Série A2, o título seria muito importante. Bons times foram montados no Edmundo Feix, mas, por ironia do destino, o Guarani não consegue marcar sua história com troféus.
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Precisando reverter o resultado de 1 a 0 sofrido em Rio Grande, o Rubro-Negro largou na frente, mas cedeu o empate por 1 a 1 ao adversário, que comemorou o título, sob a batuta de Júlio Batisti. O venâncio-airense, que foi presidente do próprio Guarani em 2008, se arriscou na difícil missão de treinador. Garantiu o acesso no primeiro turno e veio ao Edmundo Feix com um time coeso e brigador. Encarou o Guarani de igual para igual, jogou mais uma vez pelo regulamento – como fora na conquista do primeiro turno e levou para a zona sul o troféu de campeão com justiça.
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Parabéns ao Guarani, parabéns ao Rio Grande, parabéns ao São Gabriel, dono da terceira vaga na Série A 2 ao bater o Palmeirense por 2 a 1, nesta tarde, em São Gabriel.
